Unklar blieb, ob Kefer freiwillig einen Teil seiner Kompetenzen abgibt oder ob er von Bahnchef Rüdiger Grube oder dem Aufsichtsrat dazu gedrängt wurde. In den Bahnkreisen hieß es, Kefer werde nicht entmachtet, sondern solle angesichts seiner Aufgabenfülle entlastet werden. Der promovierte Elektrotechniker und Maschinenbauer kümmert sich weiterhin um Riesenprojekte wie Stuttgart 21 und die zweite S-Bahn-Hauptstrecke durch München.
Der 57-Jährige wurde einer breiteren Öffentlichkeit in der Schlichtung des Bahnprojekts Stuttgart 21 bekannt. In einer Schlichtung verteidigte er die Position des Unternehmens gegen viel Kritik. Eine von Kefer geleitete Neuberechnung ergab Ende 2012 für Stuttgart 21 Mehrkosten von 1,1 Milliarden Euro.
Die Bahn hat zurzeit große Probleme mit der Zulassung von Zügen der Hersteller Siemens und Bombardier in Abstimmung mit Gutachtern und dem Eisenbahn-Bundesamt. Wegen langer Lieferverzögerungen hat das Unternehmen zu wenig Fernzüge zur Verfügung. Die Folge sind übervolle Wagen auf wichtigen Routen, wie die Bahn erst vor wenigen Tagen einräumte. Für 16 ICE, die Ende 2011 in Betrieb gehen sollten, kann Siemens noch immer keinen Liefertermin nennen. Außerdem fehlen der Bahn 27 Doppelstock-Fernzüge von Bombardier, die mit mindestens neun Monaten Verspätung erst im Sommer 2014 einsatzbereit sein sollen.