Der normale Fahrplan lässt sich mit den Bussen nicht einhalten. Deswegen fahren die Intercity-Züge in ihrem Zweistundentakt in Stuttgart jeweils 50 Minuten früher ab als sonst. Diese Fahrplanänderung soll bewirken, dass die südlich der Baustelle fahrenden Züge Singen und Zürich zur üblichen Zeit erreichen. Wer von Zürich nach Stuttgart reist, muss mit einer Verspätung von rund 50 Minuten rechnen. Nahverkehrszüge rollen zwischen Stuttgart und Horb im 30-Minuten-Takt. Die Bahn betont in diesem Zusammenhang, dass größere baubedingte Fahrplanänderungen wie diese frühzeitig von den Verkaufs- und Informationssystemen erfasst werden.

In die Schieneninfrastruktur des Landes werden 2011 von der DB Netz AG 720 Millionen Euro investiert, im vergangenen Jahr waren es 610 Millionen Euro. Neben der Gäubahn konzentrieren sich die Arbeiten auf die Erneuerung einer Brücke zwischen Heidelberg und Mannheim. Zwischen Freiburg und Riegel werden 21 Kilometer Gleis erneuert, ohne dass die Strecke komplett gesperrt wird. Anders verhält es sich auf der Frankenbahn Stuttgart-Würzburg. Dort werden während der Sommerferien im Abschnitt BadFriedrichshall-Jagstfeld-Züttlingen-Osterburken 19 Kilometer Gleise ausgetauscht und neun Weichen erneuert. Die Strecke wird von Anfang August bis zum 10. September vollständig gesperrt sein. Fernzüge werden umgeleitet, für Reisende im Nahverkehr stehen auch dort Busse bereit.