Weil das Bundesverkehrsministerium aber chronisch klamm ist, hatte sich das Land bereit erklärt, einen Betrag von 950 Millionen Euro zu übernehmen. Damit wollte die Landesregierung sicherstellen, dass die Neubaustrecke zeitgleich mit dem neuen Stuttgart-21-Tiefbahnhof in Betrieb genommen werden kann. Nur so ließ sich der Baubeginn für den neuen unterirdischen Durchgangsbahnhofs überhaupt rechtfertigen.
Den Rest - 950 Millionen Euro - sowie sämtliche später anfallenden Mehrkosten - hat laut Finanzierungsvereinbarung vom April 2009 allein der Bund zu tragen. Doch kaum hatten Ministerpräsident Stefan Mappus (CDU) und Bahnchef Rüdiger Grube die inflations- und bautechnisch bedingte Kostensteigerung von 865 Millionen Euro bekannt gegeben, entbrannte hinter den Kulissen ein Streit darüber, ob die Projektpartner und Kofinanziers Bahn und Land nicht doch einen Teil der Summe übernehmen könnten.
Offiziell wurden Verhandlungen über eine Kostenübernahme bestritten oder zu informellen Gesprächen herabgestuft.
Im September 2010 bestätigte der Sprecher von Bundesverkehrsminister Peter Ramsauer schließlich einen Bericht er Stuttgarter Zeitung, wonach der Bund die Projektpartner an der Finanzierung der Mehrkosten beteiligen will. Die Landesregierung dementierte umgehend; sie sei in die Verhandlungen nicht eingebunden. Bis auf weiteres jedenfalls wird der Landesverkehrsetat durch die jetzt getroffene Regelung geschont.