Zuletzt hatte der Bahnvorstand nach der Aufsichtsratssitzung im Dezember 2012 erklärt, aufgrund von eigenen Planungsfehlern und Baukostensteigerungen entstünden Mehrkosten von 1,1 Milliarden Euro. Weitere Risiken wurden mit bis zu 1,2 Milliarden Euro beziffert: Dazu zählen Zeitverzögerungen wegen ungewöhnlich langer Planungszeiten (400 Millionen Euro), weitere mögliche Kostensteigerungen (490 Millionen Euro) und Zusatzkosten für den besseren Filderbahnhof und aus der Schlichtung (310 Millionen Euro). Lässt man letzteres in der Addierung weg (diese Kosten sollen nach Ansicht der Bahn die Projektpartner übernehmen), kommt man exakt auf die zwei Milliarden Euro, um die der Kostenrahmen erhöht wurde.
Interessant ist, dass im Aufsichtsratsbeschluss ein Gesamtwertumfang von 5,987 Milliarden Euro erwähnt wird. „Für eine Erhöhung über 5,9 Milliarden Euro ist eine Freigabe des Aufsichtsrats erforderlich“, heißt es weiter. Projektsprecher Wolfgang Dietrich begründet die Differenz zum Kostenrahmen von 6,5 Milliarden Euro damit, dass man hoffe, dass Risiken von rund 500 Millionen Euro, deren Eintrittswahrscheinlichkeit unter 50 Prozent liege, durch eine bessere Zusammenarbeit mit den Partnern nicht eintreten. Im nächsten Lenkungskreis will er deshalb den Vorschlag machen, durch gemeinsame Arbeitsgruppen für bestimmte Themen „Risiken zu identifizieren“ und Mehrkosten „nicht eintreten zu lassen oder zu minimieren“.