In der Kritik stehen immer wieder die Kosten für S 21. Aktuell geht die PSU davon aus, den Rahmen von 6,5 Milliarden Euro zu halten. Ein Gutachten im Auftrag des Bahn-Aufsichtsrats kam zum Ergebnis, die Kosten könnten zwischen 6,3 und 6,7 Milliarden Euro liegen. Der Bundesrechnungshof (BRH) sieht das Projekt eher bei rund zehn Milliarden Euro. Die Bahn erklärt, die Kontrolleure vom BRH rechneten Arbeiten mit ein, die nicht originär zu Stuttgart 21 gehörten. Aktuell hat sie für die bereits erledigten Arbeiten 2,165 Milliarden Euro ausgegeben, vertraglich gebunden sind 3,555 Milliarden Euro. Von den Projektpartnern Bahn, Land, Stadt und Region sind zusammen mit Zuschüssen von der Europäischen Union und dem Bund 4,5 Milliarden Euro finanziert. Vor Gericht versucht die Bahn, die übrigen Partner zu einer Beteiligung an den bislang bekannten zwei Milliarden Euro Mehrkosten zu bringen.