Als Beleg dafür gilt die Notiz über ein Informationsgespräch mit dem ehemaligen OB Wolfgang Schuster und dem Regionalpräsidenten Thomas Bopp vom 24. November 2009. Darin heißt es, Kostenrisiken ergäben sich unter anderem durch die Signalisierung, durch Funkeinrichtungen für das Leitsystem ETCS, vor allem aber durch das zweite Gleis zum Flughafenfernbahnhof. Die damals noch einigen Partner Bahn und Land waren sich also schon vor der Schlichtung einer Meinung, dass dies „realistische, zusätzliche Kosten“ seien. Deshalb empfahl das Land 2009, diese Maßnahmen „den Projektkosten von Anfang an zuzuschlagen“.
Als tatsächliche Extrawünsche sind vor diesem Hintergrund lediglich die Kosten für die Verpflanzung von Großbäumen im Schlossgarten sowie der Erhalt der Gäubahn (elf Millionen Euro) anzusehen. Allerdings hat die Bahn in der Wirtschaftlichkeitsberechnung die zweite westliche Tunnelröhre (30 Millionen Euro) und die Gäubahn gleich zweimal renditesteigernd angesetzt: Sie plant einerseits, die Kosten auf die Partner abzuwälzen, rechnet die Beträge aber andererseits auch den Ausstiegskosten zu.