Kritik an der CSU kam auch von den Liberalen: "Leider haben sich nicht alle Koalitionspartner so für das gemeinsam verabschiedete Nichtraucherschutzgesetz eingesetzt wie die FDP. Das hat es uns natürlich schwerer gemacht", beklagte Bayerns FDP-Generalsekretärin Miriam Gruß. Das "Wegducken beim Rauchverbot" sei wieder mal ein Fall gewesen, "in dem die CSU eine zuvor getroffene Koalitionsentscheidung nicht nachdrücklich vertreten" habe.

Ähnlich äußerte sich auch Wirtschaftsminister Martin Zeil (FDP). "Ich verhehle nicht, dass ich mir mehr Einsatz von der Koalition insgesamt für das von uns gemeinsam verabschiedete Gesetz gewünscht hätte", sagte der Vize-Ministerpräsident. Wie Zeil wollte auch FDP-Fraktionschef Thomas Hacker das klare Votum der Bürger aber nicht als Niederlage für die schwarz-gelbe Koalition im Freistaat werten. Immerhin hätten 40 Prozent der Wähler beim Volksentscheid für die Position der Liberalen gestimmt, sagte Hacker und betonte: "Das als Niederlage zu betrachten, wäre zu weit hergeholt."

Die bayerische FDP-Chefin, Bundesjustizministerin Sabine Leutheusser-Schnarrenberger, versicherte, ihre Partei respektiere das Votum. Zugleich wertete sie die rund 40 Prozent Nein-Stimmen als Beleg dafür, "dass in der Bevölkerung Vorbehalte gegen immer weitergehende Verbote bestehen".

CSU-Präsidiumsmitglied Manfred Weber forderte von seiner Partei, aus dem Votum Lehren zu ziehen. "Für die CSU hat das Ergebnis des Volksentscheids eine klare Botschaft: Ein Hin und Her zahlt sich nicht aus", sagte der niederbayerische CSU-Bezirkschef. "Die Bayern haben mit der Abstimmung deutlich gemacht, dass es lohnt, bei einmal als richtig erkannten Entscheidungen zu bleiben."