Das erste Gremium stand unter Zeitdruck. Nicht alle Fragen konnten geklärt werden. Daher konstituierte sich im Sommer 2016 ein zweiter Untersuchungsausschuss. Er soll bis Ende Oktober 2018 zwölf Themenkomplexe bearbeiten. Eine zentrale Frage ist, ob die NSU-Mitglieder Verbindungen zu Menschen, Organisationen oder Einrichtungen des rechtsextremen Spektrums in Baden-Württemberg hatten. Zudem will der Ausschuss untersuchen, ob das NSU-Trio weitere Anschläge im Südwesten geplant hat und ob Geheimdienstmitarbeiter Zeugen des Mordes an Kiesewetter in Heilbronn waren. Auch geht er der Frage weiter nach, ob es Verbindungen zwischen dem Ku-Klux-Klan und den NSU-Terroristen beziehungsweise deren Umfeld gab.